冷鏈物流倉儲地點的布置應遵循ABC分類貨物移動距離最短的原則，冷鏈物流中心的運營管理應注意以下幾點。
冷鏈物流中心的溫度控制和記錄是管理的重要組成部分。物流中心各功能區的溫度設置和控制方式是根據產品要求、運行方式、設備類型等因素確定的。隨著制冷技術的發展，溫度控制的自動化為節省人力和電力提供了很大的幫助。溫度記錄是管理控制的手段，是企業內部管理中不可缺少的環節，是保證產品質量可追溯性的必要條件。
冷鏈物流中心必須有一套完整的安全管理體系，以保證運作的順利進行。安全體系應包括組織架構、職責分工、人員培訓、應急預案處理程序等。地面結冰造成的傷害，長期冷庫操作可能會在寒冷的環境中造成人身傷害和疾病和設備事故等。忽視安全風險的防范可能會帶來無法彌補的損失。
物流中心應急系統。冷鏈物流中心的應急系統是由其系統特點決定的。冷庫可能出現的問題包括電力系統中斷、制冷劑泄漏和運行中引起的事故。冷庫一般采用雙回路供電系統支持，以盡量減少單線停電的影響。如果沒有雙回路電源系統，請帶上自己的發電機以防萬一。
冷媒泄漏可能導致長期停機，冷庫人員的操作也可能造成庫板、散熱器等部件的損壞。泄漏系統的快速補水和修復是冷庫正常運行的保障。此外，在系統發生故障時，需要停止進出庫操作，以防止冷量流失，最大限度地保持庫內低溫環境。
